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병원균과 프로바이오틱스를 배양하는 능력은 이들을 고립된 상태에서

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작성자 rofavay 댓글 0건 조회 35회 작성일 20-10-30 19:46

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병원균과 프로바이오틱스를 배양하는 능력은 이들을 고립된 상태에서 연구하고 장내 미세생물에서 이들의 역할을 결정하는데 중요하다. 따라서, 입원한 환자를 자주 감염시키는 병원균인 포도상구균 Aureus N315의 최소 배지를 설계하기 위해 GEM을 사용했다[47]. GEM은 여러 아미노산이 필수적이라고 예측했지만 생체내 실험은 다르게 나타났다. 나중에 업데이트된 GEM은 S. aureus N315에 아미노산에 대한 내적 보조영역이 없지만, 일부 특정한 절연체는 일부 아미노산을 필요로 한다고 예측했다[48].

업데이트된 GEM과 고립체에 대한 실험 결과 사이의 이러한 불일치는 아미노산이 유전자를 합성하는 억압에 의해 설명되었다. 억압은 S. aureus가 실제로 이러한 아미노산을 합성할 수 있다는 GEM 예측을 뒷받침하며, 매질에서 아미노산을 점진적으로 제거함으로써 완화될 수 있었다. 이 연구는 GEM이 어떻게 알려진 정의된 매체에서 영양소를 누락시키는 것을 도울 수 있는지를 보여주었다 마이다스 아바타.

이 세 가지 사례 연구는 GEM이 최소한의 미디어를 설계하는 좋은 출발점임을 보여준다. 사실, 성장 매체를 설계하는 GEM의 능력은 최근 최소 환경 TOOL(Minimal Environmental TOOL)의 개발로 강조되었다[49]. MENTO는 GEM을 기반으로 유기체에 대한 최소 매체 요구사항을 예측하고, 2500개 이상의 자동 생성된 모델SEED [28] 모델에서 광범위한 영양 추세를 연구하는데 사용되었다.

세 가지 특성을 잘 갖춘 유기체의 경우, 모델SEED 모델에 기반한 예측도 수동으로 큐레이션된 모델에 기반한 예측과 비교되었다. 비교 결과, 모형SEED 모형은 더 비관적인 성장 예측 변수들이지만, 유사한 정확도를 가지고 있다는 것을 알 수 있었다[49]. 그럼에도 불구하고, 저자들은 모델SEED 모델은 광범위한 영양적 추세를 연구하는데 적합하지만, 특정 유기체에 대한 결과를 해석하는데 신중해야 한다고 지적한다. 따라서 모델SEED 모델은 적절한 최소 성장 매체를 예측하기 위해 사용하기 전에 수동 큐레이션이 필요하다.

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